En ny trussel har meldt sig i Gotham City. Shredder og The Foot Clan dukker op for at stjæle en masse avanceret teknologi. Heldigvis er Teenage Mutant Ninja Turtles i hælene på ham, og i Gotham er Batman klar til at møde enhver trussel mod byen! Således ender Batman og padderne med at arbejde sammen i forsøget på at få lukket ned for Shredder og hans skumle planer!