Sonic und seine Freunde haben den sogenannten intergalaktischen Kreuzgang erreicht. Sie können ihre Mission nicht fortsetzen, weil sie im Weltraummüll regelrecht festsitzen und immer neue Hindernisse auftauchen. Bald wird dem Team klar, dass Metarex ihren Weg blockiert. Als sich einer der führenden Commander, Yellow Zelkova, ihnen auch noch in den Weg stellt, kommt es zu einem erbitterten Kampf zwischen Metarex, Sonic und Knuckles.