1150 jours après avoir quitté l'orbite terrestre, l'ordinateur d'un vaisseau spatial terrien prend en otage John et Helena, dans l'espoir de se faire fournir en carburant sur la planète D, où gisent les membres de son expédition. Brian le cerveau a en fait tué son créateur, le Capitaine Michael, et les membres de son équipage, lorsqu’il s'est rendu compte que celui-ci travaillait sur une version améliorée de robot. Que fera-t-il d'Alpha ? Et à quel jeu veut-il jouer avec Koenig ? Tony et Maya devront venir à la rescousse...