Jodie apelle Conan pour lui annoncer quelque chose de très grave. Rena Mizunashi, infiltrée dans l'Organisation des hommes en noir, leur a dévoilé l'arrivée à Tokyo d'un nouveau membre, extrêmement dangereux et spécialiste de la collecte d'informations. Son nom de code : Bourbon. Une enquête donnée aux Detective Boys permets à Conan de réfléchir sur cette nouvelle situation. Cependant, l'immeuble dans lequel les enfants devaient enquêter est incendié dans la nuit. En tentant d'élucider ce crime avec l'aide de l'inspecteur Yuminaga, ils font la connaissance d'un mystérieux étudiant, Subaru Okiya