Le premier épisode commence en illustrant la bataille finale climatique entre le Laboratoire Photonique et les forces du Dr Hell. Face à l'attaque se trouvent Mazinger et la maison Kurogane, qui tentent de tenir tête aux trois armées du Dr Hell, dirigées par le baron Ashura, le comte Brocken et le vicomte Pygman. Alors que la bataille se déroule, nous découvrons que le protagoniste Kouji a disparu et se trouve dans un endroit inconnu, pour des raisons inconnues. Là-bas, il rencontre une variété d'êtres étranges, dont Zeus . Au moment où il revient, les forces du Dr Hell ont déjà vaincu la plupart de ses camarades et Kouji se prépare à vaincre le Dr Hell, pour leur bien.