A Gyilkos számok harmadik évadát 2006. szeptember 22. és 2007. május 18-a között sugározták Észak-Amerikában. larry és Megan, valamint Charlie és Amita kapcsolata elmélyül. Az egyetemen új rektor jelenik meg Dr. Mildred Finch aki kezdetben nem ért egyet Charlie és kollégái egyetemen kívüli elfoglaltságával. Új szereplő Liz Warner akivel Don Eppes kezd kapcsolatba. Larry űrutazáson vesz részt. Colby ügynök gyanúba keveredik és azt feltételezik róla, hogy a kínaiaknak dolgozik.