Mentre un uomo tenta il suicidio, scopre un cadavere ricoperto di guano di uccello. Il team del Jeffersonian indaga, ma si trova in difficoltà a causa dei fori lasciati dai proiettili. Intanto, Max parte per l'Ohio senza dare spiegazioni e viene arrestato per profanazione di tomba. Booth riesce a farlo assolvere e a ottenere una spiegazione per Bones. Wendel rompe un orologio antico della sua ragazza e chiede aiuto a Hodgins per ripararlo.