Во втором сезоне рассказывается, что агенты из параллельной вселенной начали действовать в "реальном"мире. Биомеханически изменяемые гости могут принимать вид любого человека,в процессе убивая его. Таким образом один из гостей становится агентом ФБР Чарли Франкисом, коллегой Оливии. После возращения Оливии из паралельной вселенной ей удаётся вычислить его и остановить. Наконец, подтверждается, на что намекали в конце первого сезона:Питтер в действительности не сына Уолтера из привычной вселенной.